Все дело в том, что в юности будущий писатель Сэмюэль Клеменс работал на пароходе на реке Миссисипи. И свой псевдоним взял из терминов речной навигации.
В то время в Америке безопасной глубиной воды для прохождения судна считалась метка в 2 фантома (3,6 м). На сленге моряков речного пароходства США два фантома безопасной глубины назывались «близнецами», которых лодочники мерили с помощью палки с разметкой. В те дни слово «близнецы» по-английски писалось как «twain» и обычно обозначало «двое» или «два». Поэтому лодочники кричали, достигая безопасной глубины: «На отметке двое» (что по-английски звучало как «by mark twain»).